Eimskip er með margvíslegan rekstur innanlands, meðal annars Eimskip Flytjanda sem er einn öflugasti landflutningaaðilinn á markaðnum, Vöruhótelið sem er einn stærsti hýsingaraðili landsins og svo Vestmannaeyjaferjuna Herjólf.
Eimskip Flytjandi býður upp á daglegar ferðir til allra landshluta árið um kring og sér um allan gámaakstur sem tengist inn-og útflutningi hjá Eimskip. Hjá Eimskip Flytjanda er einnig boðið upp á víðtæka vörudreifingarþjónustu fyrir einstaklinga og fyrirtæki.
Vöruhúsaþjónusta Eimskips rekur meðal annars í Sundahöfn fullkomið Vöruhótel ásamt kæligeymslunni Sundakæli og frystigeymslunum Sundafrosti og Fjarðarfrosti í Hafnarfirði þar sem einnig er rekin umfangsmikil löndunarþjónusta fyrir togara.
Eimskip rekur einnig Vestmannaeyjaferjuna Herjólf sem siglir milli Vestmannaeyja og Landeyjahafnar.